В Настройка Quartz quartz.config.ts, вот точное место:

const config: QuartzConfig = {
  configuration: {
    pageTitle: "...",
    // ...
    ignorePatterns: ["private", "templates", ".obsidian"], // ← сюда
    // ...
  },
}

Как помечать заметки приватными

Вариант А — папка (проще всего)

Положи заметки в папку private/ внутри vault — вся папка игнорируется.

vault/
├── private/
│   └── моя секретная заметка.md  ← не публикуется
└── публичная заметка.md

Вариант Б — frontmatter (для отдельных файлов)

---
draft: true
---

Это встроенный механизм Quartz — файл с draft: true не попадёт на сайт. Добавлять в ignorePatterns ничего не нужно, работает из коробки.